C'étaient des armateurs qui, en 1664, souhaitaient fortifier la région et construire une tour de guet qui serait visible à 20 km du port de Marseille pour faciliter le travail des navires de commerce.
C'est ce qu'on appelle le Tour du Fanal ou Tour Ronde. Le fort Saint-Jean a été construit sous les ordres de Louis XIV de 1668 à 1671 après l'expulsion des Hospitaliers. En 1679, après une rébellion des habitants de Marseille, il fut séparé du reste de la ville par le creusage d'un fossé par Vauban.
Le complexe a conservé une vocation militaire jusqu'à la révolution, avant de devenir une prison d'État. Pendant la Seconde Guerre mondiale, le fort était autrefois un dépôt de munitions pour les Allemands. Il a été lourdement endommagé par une explosion accidentelle.
