Le Musée d'histoire naturelle est situé à Saint-Gall depuis 1846, mais a ouvert ses portes dans un nouveau bâtiment magnifique en novembre 2016. Il est situé à quelques kilomètres à l'est du centre-ville et a organisé la collection historique de spécimens de manière plus familiale.
L'embaumement le plus célèbre est peut-être le crocodile du Nil capturé en 1623 et vous pouvez voir le squelette presque complet d'Edmontosaurus.
A noter également la carte en relief des cantons de Saint-Gall et d'Appenzell, la plus grande carte du genre en Suisse.