Ce musée exceptionnel est situé dans l'hôpital de Santa Cruz du XVIe siècle, un élégant bâtiment avec une façade plateresque exquise. Le musée de Santa Cruz comprend trois collections: beaux-arts, arts décoratifs et archéologie.
Dans la collection des Beaux-Arts, les peintures de l'école de Tolède des XVIe et XVIIe siècles sont la principale attraction, en particulier les œuvres d'El Greco et de Luis Tristán, élève d'El Greco. L'Assomption de la Vierge par El Greco est un chef-d'œuvre créé dans les dernières années de l'artiste.
D'autres faits saillants sont le Christ dans les chaînes de Morales et la crucifixion de Goya. Le retablo dédié à la Vierge par Alonso Berruguete est une autre pièce précieuse.
La section des Arts décoratifs comprend des tapisseries flamandes des XVe et XVIe siècles et une tapisserie illustrant les signes du zodiaque ainsi que l'artisanat local. La section Archéologie contient des antiquités préhistoriques, romaines, wisigothiques et des expositions d'objets décoratifs et céramiques maures et mudéjars
